（Cell stem cell, 2018）
将PDF文件放大6400%，可以看出散点图部分都是由正方形像素构成的，如下。位图有位图的好处，不管有多少万个几何图形，生成位图后都会栅格化成像素。
当然，位图也有位图的优势，不然谁还买单反、无反相机，而且显微镜照片也只能是位图。位图文件的大小主要由像素数量决定，对于这类图形数量上万的“超复杂矢量图”，转成位图后文件反而会更小，比如我们客户的花生叶片单细胞分群t-SNE散点图，是直接转成TIF格式的位图，清晰度也不错，如下。
（Plant Biotechnol J.，2021）
那么，如何生成“半”矢量图呢？
● 使用Illustrator编辑●
首先，创建一个20*20cm的空白画板，颜色模式为CMYK，其他参数保持默认，如下。
然后，通过文件菜单置入范例图片，如下。注意，Ai无法直接打开位图。
通过在原图的图层上方绘制白色的矩形，覆盖掉原图的坐标轴，如下。
然后使用钢笔工具绘制折线，点击描边，设置折线两端的箭头样式，如下。接着使用文本工具，添加文字标签。
满意后，通过文件/存储为，将图片保存为Adobe PDF格式即可，如下，当然也可以保存成SVG格式。
● 使用Photoshop编辑●
通过文件菜单直接打开范例文件（png格式）后，使用白色画笔涂抹掉坐标轴，同样，使用钢笔工具绘制箭头，使用文本工具添加文字标签，如下。
然后，通过文件/存储为另存图片，如下。
同样，存储格式选择Photoshop PDF，如下，这样就保存成“半”矢量图啦！另外，通过文件/导出也可将图片保存成SVG格式。
补充一点，在PS中调色也很方便，只需添加一个颜色调整图层即可，如下。
最终的效果如下：
注意，如果是对位图进行编辑，原始文件非常重要。在使用R语言绘制散点图的时候，应避免在散点上添加文字标签，这样更方便在后期添加文字标签，否者处理起来会比较麻烦。
一般来说，PDF格式主要用于期刊投稿，而SVG格式的图片可直接插入到Word或PPT中，这样Word和PPT的文档非常小，而图片显示效果却非常精细。需要注意的是，PDF和SVG都支持置入位图，这样可以在几何图形数量巨大时用位图替代。
当然，使用Ai（adobe illustrator）绘制的示意图也非常适合保存成矢量图。如果你对示意图绘制感兴趣也可以看看之前的实操教程，比如：
教程名称：
《如何绘制精美的基因代谢通路图？》
《如何绘制通路图与热图的组合图？》
教程名称：
《如何绘制漂亮的通路示意图？》
教程名称：
《AWSL，这般萌萌的示意图如何画？》
《重现一篇Nature review的漂亮示意图》
好啦，今天就分享到这里啦~
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参考文献
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[1] Zhao T, Fu Y, Zhu J, et al. Single-cell RNA-seq reveals dynamic early embryonic-like programs during chemical reprogramming[J]. Cell stem cell, 2018, 23(1): 31-45. e7.
[2] Liu H, Hu D, Du P, Wang L, Liang X, Li H, Lu Q, Li S, Liu H, Chen X, Varshney RK, Hong Y. Single-cell RNA-seq Describes the Tranome Landscape and Identifies Critical Tranion Factors in the Leaf Blade of the Allotetraploid Peanut (Arachis hypogaea L.). Plant Biotechnol J. 2021 Jun 26. doi: 10.1111/pbi.13656.
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